1. Rozwijanie wiedzy stomatologicznej w zakresie nauk stomatologicznych i szerzenie zdobyczy nauki wśród ogółu lekarzy
2. Inicjowanie dyskusji nt. nowych problemów medycznych, również o charakterze interdyscyplinarnym
3. Podnoszenie poziomu zawodowego lekarzy stomatologów oraz współdziałanie w dokształcaniu i doskonaleniu kadr medycznych w zakresie stomatologii
4. Kształcenie postawy społecznej i etyki zawodowej środowiska medycznego
5. Współdziałanie przy organizowaniu społecznego lecznictwa stomatologicznego
6. Popularyzacja wiedzy medycznej ze szczególnym uwzględnieniem stomatologii
7. Współdziałanie z innymi organizacjami w sprawach zawodowych lekarzy stomatologów.

PTS realizuje swoje cele poprzez:

1. Organizowanie posiedzeń, sympozjów, konferencji, zjazdów i kongresów naukowych, oraz posiedzeń naukowo-szkoleniowych
2. Działalność wydawniczą
3. Kursy i wykłady dokształcające
4. Ogłaszanie konkursów na opracowywanie ważniejszych zagadnień z zakresu stomatologii oraz przyznawanie nagród za te opracowania
5. Wystawy, pokazy, wycieczki naukowe itp.
6. Kontakty i współpracę z zagranicznymi stowarzyszeniami naukowymi oraz uczestniczenie członków PTS w zjazdach i konferencjach naukowych
7. Wymienne staże naukowo-szkoleniowe z zagranicznymi stowarzyszeniami naukowymi
8. Prenumeratę i wymianę naukowych czasopism stomatologicznych
9. Inne prace zmierzające do podniesienia w Polsce wiedzy stomatologicznej
10. Reprezentowanie członków PTS wobec władz państwowych i administracyjnych w sprawach zawodowych
11. Roztaczanie opieki nad zasłużonymi lekarzami
12. Udzielanie pomocy lekarzom rozpoczynającym pracę

PTS bierze czynny udział w pracach nad reformą studiów stomatologicznych, stażem podyplomowym i szkoleniem podyplomowych. W ramach popierania działalności naukowej Towarzystwo przyznaje corocznie nagrody za najlepsze prace opublikowane w jego organach tj. Czasopiśmie Stomatologicznym i Protetyce Stomatologicznej. PTS współpracuje z Ministerstwem Zdrowia i Opieki Społecznej opiniując wnioski członków Towarzystwa odnośnie udziału w zjazdach, kongresach i sympozjach zagranicznych. Jest członkiem Zrzeszenia Polskich Towarzystw Lekarskich oraz międzynarodowych towarzystw naukowych, z którymi stale współpracuje. Są to:

– Międzynarodowa Organizacja Dentystyczna (Federation Dentaire Internationale, Londyn),
– Międzynarodowa Organizacja Profilaktyki Próchnicy za Pomocą Fluoryzacji (European Organisation for Caries Research, Genewa)
– Międzynarodowe Towarzystwo Dentystyki Dziecięcej (International Association of Dentistry for Children)
– Międzynarodowe Stowarzyszenie Naukowo – Badawcze Podstawowych Nauk Medycznych i Stomatologicznych (GIRSO – Groupement International pour la Recherche Scientifique en Stomatologie et Odontologie, Barcelona)