Druga wojna światowa przyniosła zagładę polskiej stomatologii w formie, w jakiej funkcjonowała ona w okresie Dwudziestolecia. Przestały istnieć organizacje zrzeszające lekarzy dentystów, wydziały stomatologii na uczelniach oraz niższej rangi szkoły kształcące dentystów (choć działało też podziemne nauczanie!), zaprzestano wydawania branżowych czasopism. Wojny nie przeżyła niemal połowa stomatologów spośród 3700 praktykujących w latach 30., w tym wybitny prof. Antoni Cieszyński, rozstrzelany przez SS-manów w 1941 roku we Lwowie.
Powolnego powrotu do normalności po zakończeniu wojny nie ułatwiły kolejne fale migracji ludności związane ze zmianą granic oraz konieczność odbudowy branży w wielu aspektach – od struktur organizacyjnych po wyposażenie gabinetów i znalezienie personelu.
Pewne zmiany w funkcjonowaniu środowiska stomatologicznego w kraju przyniósł rok 1948. W styczniu zaczął ukazywać się pierwszy po wojnie periodyk dla dentystów: „Czasopismo Stomatologiczne”. Na jego czele stanął redaktor, a zarazem lekarz dentysta Stanisław Bloch, który już przed wojną – od 1924 roku – tworzył „Dentystyczne Wiadomości Związkowe” (organ Związku Lekarzy Dentystów w Państwie Polskiem).
Nieco później, w lipcu 1948 roku, ukazało się zarządzenie ministra zdrowia o powołaniu – tymczasowo – izby lekarsko-dentystycznej (ILD). Rok później ILD stała się faktem, choć tworzona na wzór organizacji przedwojennej Izba od samego początku nie dawała władzy „ludowej” kontroli nad środowiskiem medycznym w takim zakresie, w jakim oczekiwała. Z tego powodu w roku 1950 nastąpił demontaż Izby Lekarsko-Dentystycznej.
W ich miejsce zaczęły powstawać nowe organizacje, reprezentujące specjalistów z różnych dziedzin medycyny, w tym pediatrów, ginekologów i kardiologów. Wkrótce też, już w roku 1951, z inicjatywy Rady Naukowej przy Ministrze Zdrowia i Opieki Społecznej doszło do utworzenia Polskiego Towarzystwa Stomatologicznego. Nowa organizacja przejęła część agend zlikwidowanej Izby Lekarsko-Dentystycznej. W gronie założycieli Towarzystwa znaleźli się m.in. Feliks Rutkowski, Kazimierz Dominik, Franciszek Bohdanowicz, Stefan Grzybowski, Bohdan Janowicz, Janusz Krzywicki, Tadeusz Karnibad, Józef Rancewicz, Irena Szczepańska, Aleksander Ujejski oraz Bogumiła Wanda Zakrzewska.
Wraz z powołaniem do życia Towarzystwa utworzono oddziały wojewódzkie PTS w miastach będących siedzibą uczelni medycznej: Białymstoku, Gdańsku, Katowicach, Krakowie, Lublinie, Łodzi, Poznaniu, Szczecinie, Warszawie oraz Wrocławiu. W tym samym roku odbył się I Zjazd Polskiego Towarzystwa Stomatologicznego, miał on jednak przede wszystkim charakter informacyjny – na opracowanie statutu członkom organizacji przyszło poczekać jeszcze jakiś czas.
W 1953 roku, szczególnym w historii naszej części Europy ze względu na śmierć Józefa Stalina i początek „odwilży” w życiu politycznym i społecznym, miał miejsce II Ogólnopolski Zjazd Stomatologów PTS. Do historii przeszedł on jako Zjazd Konstytucyjny, ponieważ uchwalono na nim Statut PTS, który regulował działalność Towarzystwa w następnych latach.
Podczas Zjazdu wybrano także pierwszego prezesa PTS (kadencja w latach 1953–1956) – funkcję tę objął prof. Aleksander Ujejski, który od 1945 roku kierował Zakładem Protetyki Akademii Lekarskiej w Warszawie, następnie przemianowanej na Akademię Medyczną. Ze względu na osobę prezesa, stolica została pierwszą siedzibą Zarządu Głównego PTS.
W tym samym roku utworzone zostały oddziały Towarzystwa w dwóch kolejnych miastach wojewódzkich: Bydgoszczy i Zielonej Górze.
Więcej informacji na temat działalności Towarzystwa w poprzednich dekadach znaleźć można na stronie internetowej historia.pts.net.pl.